SayaMatcher

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English &aname(y5ca2df2,super,full)\{†};

SayaMatcher has been a set of programs (called 'pipeline') for locating short but meaningful DNA elements in a genome scale maintained by Hidemasa Bono at Saitama Medical School DBCLS, Japan. Several programs in EMBOSS package (http://emboss.sourceforge.net/ ) are used for the calculation. The results are exported as LDAS (for DAS compliant genome browsers, for example, Ensembl http://www.ensembl.org/ ) format to see them in the genome fully utilizing DAS (Distributed Annotation System; http://www.biodas.org/ ). Although it is far from complete, it is now open for download from here (Instruction for scripts).

• You can also browse source codes for SayaMatcher in b-src website.

日本語による説明 &aname(t939f0b0,super,full)\{†};

SayaMatcher（狭山茶）とは坊農秀雅によって開発、改良、維持がなされている、転写因子予測結合領域解析パイプラインです。 指定した転写因子結合配列(TFBS; Transcription Factor Binding Site)がゲノム上のどこにあるか一気に検索し、EnsemblやUCSC Genome Browserといったゲノムブラウザ上にマッピングします。 現在、埼玉医科大学ゲノム医学研究センターで活発に研究が進められている核内受容体に関して、 フリーな転写因子結合サイトデータベースJaspar に登録されている8種類の核内受容体結合配列の位置特異的スコア行列(PSSM; Position Specific Score Matrix)を用いて SayaMatcher で解析した結果を公開 DAS(Distributed Annotation System) サーバー上に SayaMatcherを用いた解析の例として載せております。 Ensembl などの DAS クライアントでカスタムの DAS サーバーを指定する際に以下のURLを指定して、お使いください。

http://das.DBCLS.jp/cgi-bin/das

• Ensembl Genome browser上でのDASの設定手順の解説ムービーがDBCLSのtogotv上で公開されています。(2007/08/03)
• ぼうのうの転職に伴い、DASサーバーのアドレスが変更になりました。(2007/07/25)
• SayaMatcherのDASサーバーの使い方のマニュアルを作成し、公開しました。(2006/03/01)

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